Genome of Acanthamoeba castellanii highlights extensive lateral gene transfer and early evolution of tyrosine kinase signaling

Reseña Genome Biol 2013, 14 (2): R11. Enlace
Autores Clarke M, Lohan AJ, Liu B, Lagkouvardos I, Roy S, Zafar N, Bertelli C, Schilde C, Kianianmomeni A, Bürglin TR, Frech C, Turcotte B, Kopec KO, Synnott JM, Choo C, Paponov I, Finkler A, Heng Tan CS, Hutchins AP, Weinmeier T, Rattei T, Chu JS, Gimenez G, Irimia M, Rigden DJ, Fitzpatrick DA, Lorenzo-Morales J, Bateman A, Chiu CH, Tang P, Hegemann P, Fromm H, Raoult D, Greub G, Miranda-Saavedra D, Chen N, Nash P, Ginger ML, Horn M, Schaap P, Caler L, Loftus BJ.
Contribución Resultado del proyecto Genoma Acanthamoeba y la publicación del genoma de la primera especie de Acanthamoeba secuenciado en su totalidad (A. castellanii). Mediante este proyecto ahora sí se conoce el genoma de estos patógenos lo que conllevará como resultado una mejora en el diagnóstico, conocimiento de la biología celular y molecular del parásito y elucidación de nuevas dianas terapéuticas efectivas frente a estos protozoos emergentes.
Resumen The Amoebozoa constitute one of the primary divisions of eukaryotes, encompassing taxa of both biomedical and evolutionary importance, yet its genomic diversity remains largely unsampled. Here we present an analysis of a whole genome assembly of Acanthamoeba castellanii (Ac) the first representative from a solitary free-living amoebozoan. Ac encodes 15,455 compact intron-rich genes, a significant number of which are predicted to have arisen through inter-kingdom lateralgene transfer (LGT). A majority of the LGT candidates have undergone a substantial degree of intronization and Ac appears to have incorporated them into established transcriptional programs. Ac manifests a complex signaling and cell communication repertoire, including a complete tyrosine kinasesignaling toolkit and a comparable diversity of predicted extracellular receptors to that found in the facultatively multicellular dictyostelids. An important environmental host of a diverse range of bacteria and viruses, Ac utilizes a diverse repertoire of predicted pattern recognition receptors, many with predicted orthologous functions in the innate immune systems of higher organisms. Our analysis highlights the important role of LGT in the biology of Ac and in the diversification of microbial eukaryotes. The earlyevolution of a key signaling facility implicated in the evolution of metazoan multicellularity strongly argues for its emergence early in the Unikont lineage. Overall, the availability of an Ac genome should aid in deciphering the biology of the Amoebozoa and facilitate functional genomic studies in this important model organism and environmental host.
Grupo de investigación Amebas de vida libre – Instituto Universitario de Enfermedades Tropicales y Salud Pública de Canarias (IUETSPC)Grupo Jacob 2
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